Polimorfismo +405G> C del gen del factor de crecimiento de endotelio vascular en población cubana / Vascular Endothelial Growth Factor gene +405G> C polymorphism in the Cuban population

Introducción: El factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) es una proteína involucrada en la proliferación y migración celular del endotelio vascular, en cuyo gen se ha reportado el polimorfismo +405G>C. Se reconoce que no existen reportes genéticos poblacionales de esta variante en Cuba, que permitan caracterizar los perfiles inmunogenéticos a nivel molecular, para su aplicación en estudios de asociación alélica. Objetivo: Describir las frecuencias génicas y genotípicas del polimorfismo VEGF (+405 G>C) en la población cubana. Material y Métodos: Se realizó un estudio observacional, descriptivo, transversal, entre octubre de 2017 y marzo de 2018 en 162 neonatos cubanos, de ambos sexos y sanos, para el pesquisaje neonatal de enfermedades metabólicas, cuyas muestras biológicas se conservaban en el banco de ADN del Centro Nacional de Genética Médica. La caracterización molecular de los genotipos fue realizada mediante un PCR-ARMS. Se utilizó el software GENEPOP 4.4 y el paquete estadístico STATISTICA 8.0 para los cálculos de las frecuencias génicas y genotípicas. Resultados: La población no se ajustó al modelo de equilibrio de Hardy Weinberg para el gen evaluado. Las frecuencias génicas estimadas para el polimorfismo VEGF (+405 G>C) fueron de 0,33 para el alelo G y de 0,67 para el alelo C. El cálculo de las frecuencias genotípicas resultó en 0,14, 0,37 y 0,49, para las variantes GG, GC y CC, respectivamente. Conclusiones: Las frecuencias alélicas VEGF.C fueron superiores a la del alelo VEGF.G, siendo el genotipo VEGF.GG el de menor representación en el conjunto estudiado(AU)

Introduction: The vascular endothelial growth factor (VEGF) is a protein involved in the proliferation and cell migration of the vascular endothelium. In its gene, +405G>C Polymorphism has been reported. There are no population genetic reports of this variant in Cuba that allow the characterization of immunogenetic profiles at a molecular level for its application to allelic association studies. Objectives: To describe the genic and genotypic frequencies of the VEGF (+405 G>C) polymorphism in the Cuban population. Material and Methods: A descriptive cross-sectional observational study was carried out from October 2017 to March 2018 in 162 Cuban healthy newborns of both sexes for the neonatal screening for metabolic diseases, whose biological samples were conserved in the DNA bank of the National Center for Medical Genetics. The molecular characterization of the genotypes was carried out using a PCR-ARMS. The GENEPOP 4.4 software and the statistical software package STATISTICA 8.0 were used for the analysis of genic and genotypic frequencies. Results: The population did not adjust to the Hardy-Weinberg equilibrium model for the gene evaluated. The estimated gene frequencies of VEGF +405 G> C polymorphism were 0.33 for the G allele and 0.67 for the C allele. The calculation of the genotypic frequencies resulted in 0.14, 0.37 and 0.49, for the variants GG, GC and CC, respectively. Conclusions: The allelic frequencies of VEGF.C were higher than the frequencies of the VEGF.G allele, being the VEGF GG the least represented genotype in the group studied(AU)

Establishing a 29 Y-STR Loci Multiplex PCR System / 法医学杂志

OBJECTIVE@#To establish a 29 Y-STR loci multiplex PCR system for investigating the genetic polymorphisms and to assess its application value in forensic science.@*METHODS@#A multiplex PCR system was established using a five color fluorescence labeling 29 Y-STR loci (DYS456, DYS389 I , DYS437, DYS447, DYS389 11, DYS438, DYS522, DYS460, DYS458, DYS622, DYS390, DYS392, DYS448, DYS449, DYS391, Y-GA TA-H4, DYS388, DYS19, DYS385a/b, DYS527a/b, DYS393, DYS459a/b, DYS635, DYS439, DYS570 and DYS627) for multiple amplification and capillary electrophoresis. And its applicability was validated with genetic polymorphism data of 29 Y-STR of unrelated 2,000 male samples in Shandong Han population.@*RESULTS@#A total of 1,981 different haplotypes of 2,000 individuals showed genotype diver- sity between 0.370 0 and 0.965 4. The system provided stable and accurate typing with high sensitivity of 0.05 ng. It satisfied the needs of variety of routine biological samples.@*CONCLUSION@#The 29 Y-STR loci multiplex PCR system could be applied for actual cases and establishment of Y-STR database. In addition, it has great significance in forensic science practices and related research.

Cross-species amplification of microsatellite markers in Mycteria leucocephala Pennant 1769: Molted feathers as successful DNA source.

DNA from molted feathers is being increasingly used for genetic studies on birds. However, the DNA obtained from such non-invasive sources is often not of enough quantity and quality for isolation of new microsatellite markers. The present study examined the potential of shed feathers of near threatened Painted Stork as a source of its DNA for cross-species amplification of microsatellites. Thirty-one shed feathers of varying conditions (‘good’ and ‘deteriorated’) and sizes (‘large’, ‘intermediate’ and ‘small’) collected in a north Indian population were used to isolate DNA by a standard isopropanol method and 11 microsatellite markers already developed in the Wood Stork were screened for amplification. Nine plucked feathers from two dead Painted Storks were also used to compare the DNA yield and amplification success. The DNA yield of feathers varied significantly in relation to the calamus size and condition. Among molted feathers, ‘good’ and ‘large’ samples provided more DNA than ‘deteriorated’ and ‘small’ ones, respectively. ‘Large’ plucked feathers yielded more DNA than ‘large’ molted feathers. DNA was almost degraded in all the samples and ratio of absorbance at 260/280 nm varied from 1.0 to 1.8, indicating impurity in many samples. Independent of DNA yields, all microsatellites were cross-amplified in all kinds of feathers, with >80% success in different feather categories. It is concluded that the shed feathers can be successfully used to isolate DNA in the Painted Stork and for cross-species amplification of microsatellites.

Aplicación de la genética de poblaciones en el ámbito de la medicina / Application of population genetics in the field of medicine

Las poblaciones humanas obedecen a los mismos supuestos evolutivos que el resto de los organismos, aunque mezclados con elementos sociales y culturales que pueden promover la expresión de ciertas enfermedades en grupos étnicos específicos, causadas principalmente por la frecuente endogamia. En este trabajo se analiza el principio de Hardy-Weinberg desde un enfoque médico, social y biológico, para entender los procesos evolutivos que dan lugar a las enfermedades autosómicas recesivas. A manera de conclusión se puede señalar que la incidencia de estas enfermedades está inversamente relacionada con los niveles de la variabilidad genética en las poblaciones, variabilidad que depende de eventos de colonización, recolonización y migración, así como de convenciones sociales como el racismo, la estratificación social y la segregación.

Human populations follow the same evolutionary principles as other organisms, although mixed with social and cultural elements, which can result in a high prevalence of certain diseases within specific ethnic groups. In this work, the Hardy-Weinberg principle is analyzed from a medical, social and biological viewpoint to understand the evolutionary processes of autosomal recessive diseases. It can be concluded that the incidence of these diseases is inversely related to the levels of genetic variability within populations, which depends on colonization, recolonization and migration events, as well as on social conventions such as racism, social stratification and segregation.

Genetic diversity of 15 autosomal short tandem repeats loci using the AmpFLSTR ® Identifiler™ kit in a Bhil Tribe Population from Gujarat state, India.

MATERIALS AND METHODS: The genetic diversity and forensic parameters based on 15 autosomal short tandem repeats (STR) loci; D8S1179,D21S11, D7S820, CSF1PO, D3S1358, TH01, D13S317,D16S539, D2S1338, D19S433, vWA, TPOX, D18S51,D5S818, and FGA in AmpFLSTR® Identifiler™ kit from Applied Biosystems, Foster City, CA, USA were evaluated in saliva samples of 297 unrelated individuals from the Bhil Tribe population of Gujarat state, India to study genetic diversities and relatedness of this population with other national and international populations. RESUITS: Statistical analysis of the data revealed all loci were within Hardy-Weinberg Equilibrium expectations with the exception of the locus vWA (0.019) and locus D18S51 (0.016). The neighbour joining phylogeny tree and Principal Co-ordinate Analysis plot constructed based on Fst distances from autosomal STRs allele frequencies of the present study and other national as well as international populations show clustering of all the South Asian populations in one branch of the tree, while Middle Eastern and African populations cluster in a separate branch. CONCLUSION: Our findings reveal strong genetic affinities seen between the Indo-European (IE) speaking Bhil Tribe of Gujarat and Dravidian groups of South India.

Marcadores Inserção/Deleção (Indel): estudo de ancestralidade e identificação humana na população brasileira / Insertion/Deletion (Indel) markers: ancestry and human identification study in the Brazilian population

Os polimorfismos denominados Indels são variações de comprimento geradas por inserção ou deleção de um ou mais nucleotídeos em uma sequência de DNA. Estes marcadores genéticos vêm apresentando um grande potencial para fins forenses e populacionais por combinar características dos marcadores SNPs, tais como a capacidade de analisar fragmentos curtos (menores que 250pb) e baixas taxas de mutação, com a facilidade da genotipagem dos STR em uma única PCR, seguida de detecção dos fragmentos amplificados por eletroforese. Com o objetivo de avaliar a eficiência dos Indels em aplicações forenses e esclarecer os detalhes da formação de diferentes populações brasileiras através de dados genéticos, amostras populacionais de diferentes estados brasileiros foram genotipadas através de dois sistemas multiplex. O primeiro (indelplex-HID) foi otimizado para fins de Identificação Humana (HID) e inclui um grupo de 38 marcadores Indels selecionados por apresentarem altos valores de diversidade genética dentro das principais populações continentais. Já o segundo (46-AI-indels), foi selecionado para estudos de ancestralidade e é composto por um conjunto de 46 marcadores informativos de ancestralidade (AIMs). Nesse último caso, ao contrário do anterior, o sistema multiplex inclui marcadores com alta divergência nas frequências alélicas entre populações continentais. Na primeira etapa, o multiplex HID foi aplicado em uma amostra populacional do Rio de Janeiro e em uma amostra populacional dos índios Terena...

Indels are length polymorphisms created by the insertion or deletion of one or more nucleotides in a DNA sequence. This type of genetic marker is potentially very useful for forensic and population genetic applications because it combines some desirable SNP features, such as the possibility of being analyzed in small fragments (less than 250bp), and low mutation rate, and in the same way as for the STRs it is easily genotyped in a single PCR followed by capillary electrophoresis detection of the amplified fragments. In order to evaluate the efficiency of Indels in forensic applications, and clarify some details on the formation of different Brazilian populations through genetic data, population samples from different Brazilian States were genotyped through two Indel multiplex systems. The first (Indelplex-HID) has been optimized for Human Identification (HID), and includes a group of 38 Indel markers selected by presenting similarly high values of genetic diversity within the main continental populations. The second (46-AI-indels) was selected for studies of ancestry, and it is composed by a set of 46 ancestry informative markers (AIMs). The latter, unlike the first one, includes markers with high divergence in allele frequencies among populations. In a first stage, the multiplex HID was used to study a population sample of Rio de Janeiro and a population sample of Terena Amerindians...

Hemofilia II. Aspectos moleculares y de genética poblacional / Hemophilia II. Molecular and population genetics

La prevalencia de la hemofilia esporádica fue estimada hace más de 40 años y se demostró que aproximadamente un tercio de los casos son de novo. La mayoría de las mutaciones que ocurren en la hemofilia se producen durante la espermatogénesis masculina; en otros casos, los cambios ocurren en los estadios tempranos de desarrollo del embrión o una mutación germinal en la madre. El proceso de inactivación del cromosoma X es al azar. Extensos estudios han evidenciado que son más frecuentes las mutaciones en las meiosis masculinas que en las femeninas, con una proporción global de 3,5/1, especialmente las inversiones de los intrones 22 y 1. Se revisaron aspectos moleculares y bioquímicos de los factores VIII y IX. Destacamos la importancia del dominio B del factor VIII que contribuye a múltiples funciones esenciales, como el control de la calidad de la síntesis, la secreción, la unión con los fosfolípidos plaquetarios, la inactivación y el aclaramiento de la molécula completa

The sporadic hemophilia prevalence was estimated more than 40 years ago and it was shown that approximately a third of the cases are novo. Most of the mutations that occur in hemophilia are produced during the male spermatogenesis; in other cases, they occur in early stages of the embrión development or in the mother a germinal mutation. The X-cromosoma- inactivation process is at random. Extended studies have shown that male meiosis are more frequent than female ones, with a global proportion of 3,5/1, specially introns inversions 22 and 1. There were revised molecular and biochemical aspects of factors VIII and IX. We ruled out the importance of B domain in factor VIII, which contributes to multiple essential functions, as the quality control of synthesis, secretion, union with platelet phospholipids, inactivation and complete clearance of the molecule

Avaliação genética de populações naturais e de estoques de um programa de repovoamento de pacu (Piaractus mesopotamicus) utilizando marcadores microssatélite / Genetic evaluation of pacu (Piaractus mesopotamicus) natural populations and from the broodstocks of a stock enhancement program using microsatellite markers

Utilizaram-se marcadore microssatélites para estimar a diversidade genética de grupos de pacu (Piaractus mesopotamicus) coletados nas escadas de transposição das hidroelétricas de Canoas I (CI) e Canoas II (CII), no Rio Paranapanema, e de um estoque e uma progênie utilizados em programas de repovoamento nesse rio. Os loci microssatélites produziram 16 alelos e heterozigosidade observada média similar entre os indivíduos do rio nos dois tempos de coleta (CI14 = 0,7356; CI28 = 0,7361; CII14 = 0,7442; e CII28 = 0,7507), do estoque e da progênie (0,7261 e 0,7287, respectivamente). Foram observados desvios no equilíbrio de Hardy-Weinberg, e valores negativos do índice de fixação com excesso de heterozigotos que indicaram ausência de endogamia. As análises de diversidade genética (distância e identidade genética, índice de Shannon, F ST e AMOVA) foram indicativas de baixa diferenciação genética e conduziram ao agrupamento dos indivíduos do rio, sugerindo que essa espécie está geneticamente estruturada como uma única população. Foram verificados baixa diferenciação genética e altos valores do número de migrantes entre os indivíduos do rio, do estoque e da progênie, o que presume a origem comum derivada dos constantes repovoamentos realizados nesse rio a partir dessas populações estocadas.

This study used microsatellites markers to determine the genetic diversity of pacu (Piaractus mesopotamicus) groups collected at passage ladders of the hydroelectric plants (HEP) Canoas I (CI) and Canoas II (CII) - Paranapanema River - and of a broodstock and a progeny in stock enhancement programs in that river. The microsatellite loci produced 16 alleles and a similar heterozygosity between the individuals of the river at both times of collection (CI14 = 0.7356, CI28 = 0.7361, CII14 = 0.7442, and CII28 = 0.7507), as well of the broodstock and the progeny (0.7261 and 0.7287, respectively). Deviations were observed in Hardy-Weinberg equilibrium and negative values of fixation index with excess of heterozygosity indicated endogamy absence. The genetic diversity analyses (distance and genetic identity, Shannon index, F ST, and AMOVA) were signs of low genetic differentiation, and they led to the clustering of river individuals, suggesting that the species is genetically structured as a single population. Low genetic differentiation and high values of numbers of migrates among the river, the stock, and the progeny individuals were verified, suggesting a common origin derived from the constant stocks enhancement programs accomplished in that river with those stock populations.

Contribuição ao estudo da constituição genética da população brasileira: análise de regiões polimórficas do cromossomo Y em uma amostra populacional de Alagoas / Contribution to the study of the genetic constitution of the Brazilian population: analysis of polymorphic regions of the y chromosome in population sample to Alagoas

Os avanços ocorridos na biologia molecular nas últimas décadas têm possibilitado a análise de variações presentes na molécula do DNA humano. Estas variações resultantes de mutações que se acumularam por gerações, permanecem como um registro da história das populações, fornecendo informação sobre as rotas migratórias seguidas por ocasião da expansão das populações humanas. O povoamento do Brasil teve início com a chegada de povos de origem asiática. A partir do século XVI europeus provenientes principalmente de Portugal começaram o processo de colonização e transportaram escravos de origem africana para o Brasil. Entre 1884 e 1930 vieram para o Brasil, além de portugueses, imigrantes italianos, espanhóis, sírios, turcos, alemães, japoneses, judeus, poloneses, holandeses e outros. A população brasileira foi formada pelo cruzamento ocorrido entre ameríndios, africanos e europeus. A contribuição de cada grupo ancestral para a formação da população brasileira pode ser melhor avaliada por meio da análise de marcadores genéticos relacionados com ancestralidade. O presente trabalho teve como propósito contribuir para o estudo da constituição genética da população brasileira por meio da análise de polimorfismos do DNA do tipo microssatélites e SNPs do cromossomo Y na população de Alagoas. Foram analisados 15 locos de microssatélites e 24 SNPs os quais possibilitaram a identificação de 227 haplótipos, 16 haplogrupos e 230 linhagens em 247 homens de Alagoas. A diversidade haplotípica foi estimada em 0,9993 e a diversidade de haplogrupos em 0,6735. A população de Alagoas não apresentou diferenciação genética significatica em relação à maioria das populações brasileiras tanto para microssatélites como para SNPs. A comparação dos dados do presente estudo com os de populações dos grupos geográficos ancestrais, revelaram que existe uma grande semelhanca genética entre Alagoas e Portugal. O haplogrupo R1b1b2*-M269 foi o mais frequente (55,47%), sendo que dos 16 haplogrupos...

The progress made in molecular biology in recent decades has enabled the analysis of variations present in the molecule of human DNA. These variations are the results of mutations that have been accumulated over generations, remaining as a record of the populations' history, providing information about the migratory routes at expansion of human population. The peopling of Brazil began with the arrival of people of Asian origin. At the sixteenth century Europeans mainly from Portugal began the process of colonization, and at this time transported slaves from Africa to Brazil. The brazilian population was formed by the mating between amerindians, africans and europeans. The contribution of each ancestral group for the Brazil population formation can be best highlighted by genetic markers analysis. The purpose of the present work was to contribute for the genetic constitution study of the Brazilian population by Y chromosome polymorphisms analysis (microsatellites and SNPs) in Alagoas population. Fifteen microsatellites loci and 24 SNPs were analyzed, that made possible the identification of 227 haplotypes, 16 haplogroups and 230 lineages in 247 men of Alagoas. The haplotype diversity was estimated in 0.9993 and haplogroup diversity in 0.6735. No significant genetic differentiation was verified among Alagoas population and the majority of Brazilian populations for microsatellites and SNPs. The comparation of the present study data with the geographic ancestral groups populations data, revealed that exists a high genetic similarity between Alagoas and Portugal. The R1b1b2*-M269 haplogroup was the most frequent (55.47%). Amongst the 16 haplogroups observed in this sample 14 haplogroups were of european origin and corresponds to 94.74% of total. The haplogroups of african (slaves) and amerindian origin corresponds to 4.45% and 0.81% respectively. These results are in accordance with previous studies that showing strong directional mating between males...

DNA tests probe the genomic ancestry of Brazilians

We review studies from our laboratories using different molecular tools to characterize the ancestry of Brazilians in reference to their Amerindian, European and African roots. Initially we used uniparental DNA markers to investigate the contribution of distinct Y chromosome and mitochondrial DNA lineages to present-day populations. High levels of genetic admixture and strong directional mating between European males and Amerindian and African females were unraveled. We next analyzed different types of biparental autosomal polymorphisms. Especially useful was a set of 40 insertion-deletion polymorphisms (indels) that when studied worldwide proved exquisitely sensitive in discriminating between Amerindians, Europeans and Sub-Saharan Africans. When applied to the study of Brazilians these markers confirmed extensive genomic admixture, but also demonstrated a strong imprint of the massive European immigration wave in the 19th and 20th centuries. The high individual ancestral variability observed suggests that each Brazilian has a singular proportion of Amerindian, European and African ancestries in his mosaic genome. In Brazil, one cannot predict the color of persons from their genomic ancestry nor the opposite. Brazilians should be assessed on a personal basis, as 190 million human beings, and not as members of color groups.

Caracterização genética de populações de campo de Schistosoma mansoni com o uso de microssatélites

Apresentamos a utilização de 4 bibliotecas genômicas enriquecidas, como fonte de microssatélites, para o estudo da estrutura genética de populações de Schistosoma mansoni. De 382 seqüências obtidas, 250 (65,4%) apresentaram loci de microssatélites. Onze destes loci foram polimórficos quando testados em 100 vermes, com 2 a 19 alelos por loci. A heterozigosidade esperada (He) foi de 0,79 e a observada (Ho) de 0,59. Apresentamos ainda um locus de minissatélites, com uma porção interna variável composta por um microssatélite “CA”. Este minissatélite e outros 3 loci de microssatélites, anteriormente descritos, mostraram sucesso na diferenciação de cepas de S. mansoni e de 9 diferentes espécies do gênero Schistosoma. Apresentamos também, a utilização de ovos individualizados de S. mansoni como fonte de DNA para PCR, um novo protocolo, que utiliza resina de troca iônica, para extração do DNA e a utilização de PCR-multiplex na genotipagem de ovos e vermes adultos de S. mansoni. O número de alelos por locus não diferiu entre ovos e vermes e observamos ainda uma redução no número de genótipos homozigotos nos vermes, em relação aos ovos. Tanto os ovos quanto os vermes utilizados foram provenientes das amostras de fezes coletadas de moradores da área endêmica de Virgem das Graças – Minas Gerais. Analisamos ainda, entre 10 e 22 ovos, de outras 53 populações de parasitos, da mesma área, para a determinação de sua variabilidade genética.

Para se testar uma possível estruturação geográfica destas populações, estas foram divididas em 5 grupos, de acordo com sua origem geográfica dentro do município. Destas populações, 33 foram coletadas de amostras de fezes pré-tratamento e 20, pós-tratamento quimioterápico. Nove populações coletados antes e depois do tratamento foram comparadas para o estudo da influência da quimioterapia sobre variabilidade genética. Foram utilizados nestas análises 5 loci de microssatélites por apresentarem resultados consistentes com DNA de ovos e em PCR-multiplex. Entre as 53 populações observamos que o número de alelos por locus variou de 2 a 13 e não houve correlação entre variações no número de alelos por locus e o tratamento. A heterozigozidade observada variou de 0,0 a 1,0. Com exceção de 13 populações, Ho foi sempre menor que He. Em 39 das 53 populações, em pelo menos um locus, Ho foi significativamente diferente de He (p<0,05) representando desvios do equilíbrio de Hardy-Weinberg. Não se observou nenhum tipo de estruturação geográfica destas populações quando comparadas par a par, em uma ou ambas as coletas, ou quando comparadas pré e pós-tratamento quimioterápico. Este trabalho abre perspectivas promissoras no estudo e no entendimento de vários mecanismos biológicos envolvidos nas interações parasito-hospedeiro, na patogenia e epidemiologia e até numa futura quimioterapia da esquistossomose, doença que ainda hoje afeta, de maneira séria, e em certos casos, fatal, cerca de 200 milhões de pessoas em mais de 70 paises.

Caracterização genética de populações de campo de Schistosoma mansoni com o uso de microssatélites / Genetic characterization of field populations of Schistosoma mansoni by using microsatellite

Apresentamos a utilização de 4 bibliotecas genômicas enriquecidas, como fonte de microssatélites, para o estudo da estrutura genética de populações de Schistosoma mansoni. De 382 seqüências obtidas, 250 (65,4%) apresentaram loci de microssatélites. Onze destes loci foram polimórficos quando testados em 100 vermes, com 2 a 19 alelos por loci. A heterozigosidade esperada (He) foi de 0,79 e a observada (Ho) de 0,59. Apresentamos ainda um locus de minissatélites, com uma porção interna variável composta por um microssatélite “CA”. Este minissatélite e outros 3 loci de microssatélites, anteriormente descritos, mostraram sucesso na diferenciação de cepas de S. mansoni e de 9 diferentes espécies do gênero Schistosoma. Apresentamos também, a utilização de ovos individualizados de S. mansoni como fonte de DNA para PCR, um novo protocolo, que utiliza resina de troca iônica, para extração do DNA e a utilização de PCR-multiplex na genotipagem de ovos e vermes adultos de S. mansoni. O número de alelos por locus não diferiu entre ovos e vermes e observamos ainda uma redução no número de genótipos homozigotos nos vermes, em relação aos ovos. Tanto os ovos quanto os vermes utilizados foram provenientes das amostras de fezes coletadas de moradores da área endêmica de Virgem das Graças – Minas Gerais. Analisamos ainda, entre 10 e 22 ovos, de outras 53 populações de parasitos, da mesma área, para a determinação de sua variabilidade genética.

Para se testar uma possível estruturação geográfica destas populações, estas foram divididas em 5 grupos, de acordo com sua origem geográfica dentro do município. Destas populações, 33 foram coletadas de amostras de fezes pré-tratamento e 20, pós-tratamento quimioterápico. Nove populações coletados antes e depois do tratamento foram comparadas para o estudo da influência da quimioterapia sobre variabilidade genética. Foram utilizados nestas análises 5 loci de microssatélites por apresentarem resultados consistentes com DNA de ovos e em PCR-multiplex. Entre as 53 populações observamos que o número de alelos por locus variou de 2 a 13 e não houve correlação entre variações no número de alelos por locus e o tratamento. A heterozigozidade observada variou de 0,0 a 1,0. Com exceção de 13 populações, Ho foi sempre menor que He. Em 39 das 53 populações, em pelo menos um locus, Ho foi significativamente diferente de He (p<0,05) representando desvios do equilíbrio de Hardy-Weinberg. Não se observou nenhum tipo de estruturação geográfica destas populações quando comparadas par a par, em uma ou ambas as coletas, ou quando comparadas pré e pós-tratamento quimioterápico. Este trabalho abre perspectivas promissoras no estudo e no entendimento de vários mecanismos biológicos envolvidos nas interações parasito-hospedeiro, na patogenia e epidemiologia e até numa futura quimioterapia da esquistossomose, doença que ainda hoje afeta, de maneira séria, e em certos casos, fatal, cerca de 200 milhões de pessoas em mais de 70 paises.

A novel polymorphic Alu insertion embedded in a LINE 1 retrotransposon in the human X chromosome (DXS225): identification and worldwide population study

We describe a novel polymorphic Alu insertion (DXS225) on the human X chromosome (Xq21.3) embedded into an L1 retrotransposon. The DXS225 polymorphism was genotyped in 684 males from the CEPH Human Genome Diversity Panel. This insertion was found in all regions of the globe, suggesting that it took place before modern humans spread from Africa ca. 100,000 years ago. However, only one Amerindian population (Karitiana) showed this insertion allele, which may have been introduced by European admixture. Thus, it appears likely that the Alu insertion was absent from pre-Columbian America. Analysis of molecular variance worldwide demonstrated that 92.2% of the genetic variance was concentrated within populations. DXS225 is flanked by two microsatellites (DXS8114 and DXS1002), which are 86 kb apart and are in very strong linkage disequilibrium. The combination of a unique event polymorphism on the X chromosome in linkage disequilibrium with two rapidly evolving microsatellites should provide a useful tool for studies of human evolution.

Frequency of CCR5delta32 in Brazilian populations

A sample of 103 randomly chosen healthy individuals from Alegrete, RS, Brazil, was tested for the CCR5delta32 allele, which is known to influence susceptibility to HIV-1 infection. The CCR5delta32 allele was identified by PCR amplification using specific primers flanking the region of deletion, followed by electrophoresis on a 3 percent agarose gel. The data obtained were compared to those reported for other populations and interpreted in terms of Brazilian history. The individuals studied came from a highly admixed population. Most of them were identified as white (N = 59), while blacks and browns (mulattoes) were N = 13 and N = 31, respectively. The observed frequencies, considering the white, black and brown samples (6.8, 3.8, and 6.4 percent, respectively), suggest an important European parental contribution, even in populations identified as black and brown. However, in Brazil as a whole, this allele shows gradients indicating a relatively good correlation with the classification based on skin color and other physical traits, used here to define major Brazilian population groups.

A seleção brasileira de voleibol infanto-juvenil feminina e o seu perfil dermatoglífico / The Brazilian volleyball juvenile female team and its dermatoglyphic characteristics

OBJECTIVE: To identify the dermatoglypical caracteristics by the digital impressions. METHODS: The study was descriptive and 19 female athletics were included. They were 15.9 +/- 0.36 years old, there weight was 67.4 +/- 8.73kg, and thad 181.6 +/- 6.11cm, from the juvenile 2004 Brazilian voleybol juvenile selection team. The Cummins & Midlo (1942), method was used to identify the dermatoglyphical caracteristics by the digital impressions from 10 hand digits of athletes. RESULTS: The study showed the following model of digital impressions: A = 0.42 +/- 0.69; L = 6.89 +/- 2.89; W = 2.74 +/- 3.14; D10 = 12.32 +/- 3.51 e SQTL = 119.37 +/- 28.99. CONCLUSIONS: The present study confirmed that the dermatoglyphical characteristics of the female voleybol athletes of the juvenile Brazilian team are similar to that of the adult male team. Its necessary to compare these data with the adult female voley team, in order to stablish parameters to evaluate the potencial of future athletes.

Application of chi-square test and exact test in Hardy-Weinberg equilibrium testing / 法医学杂志

This article review the application of chi-square test of various data handling methods and exact test in Hardy-Weinberg equilibrium testing of human genetic marker in population genetics. The importance of HWE-exact test in multiallelic system was emphasized, especially in the study of forensic VNTR and STR typing.